Untuk menunjang kualitas akademik santri Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory maka pondok Pesantren terdapat beberapa lembaga pendidikan diantaranya :

Tarbiyatul Mu’allimin Al-Islamiyah (TMI)

Tarbiyatu-l-Muallimin Al-Islamiyah (TMI) adalah salah satu lembaga yang menangani pendidikan tingkat menengah di Pondok Al Amanah Al Gontory. Lembaga Pendidikan Guru Islam yang mengutamakan pembentukan kepribadian dan sikap mental, dan penanaman ilmu pengetahuan dengan berijazhkan Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah.Terdapat dua macam proram yang  ditempuh oleh siswa di  Pesanten Al-Amanah Al-Gontory  program regular dan program I’dadi.

1. Program Reguler

Program ini diperuntukan bagi siswa-sisiwi lulusan Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah, dengan masa belajar 6 tahun, yakni ditempuh dari kelas 1 secara berurutan sampai kelas 6.

2. Program I’dadi

Program ini diikuti oleh siswa-siswi lulusan SMP atau MTs dan diatasnya.dengan masa belajar urutan kelas 1 I’dadi-4-5-6. Kelas I’dadi sebenarnya hanya diselenggarakan pada kelas 1 I’dadi saja, Karena itu  disebut I’dadi atau persiapan untuk menempuh jenjang pendidikan selanjutnya yaitu kelas 4. Sedangkan dari kelas 4 mereka belajar secara regular bersama sama dengan lulusan SD atau MI yang sudah duduk di kelas 4, demikian pula halnya daengan kelas 5 atau 6, adapun pelajaran umum tidak diajarkan di kelas I’dadi, adapun pelajaran bahasa inggris diajarkan secara seimbang dengan kelas regular. Alikasi waktu untuk pelajaran umum diisi dengan mata pelajaran kelompok Bahasa Arab dan kelompok Dirasah Islamiyah.

Majlis Ta’lim Al-Qur’an (MTA)

Program ini diikuti oleh santri Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory yang dinilai masih kurang lancar dalam membaca Al-Qur’an. Dengan harapan dengan adanya program ini bagi santri yang belum lancar dalam membaca Al-Qur’an dapat mengejar ketertinggalannya hingga akhirnya dapat membaca secara lancar. Sedangkan waktunya diadakan setiap habis shalat Ashar dengan dibimbing oleh para istri guru dan beberapa guru-guru baru.

Kajian Kitab Kuning

Progarm ini diikuti oleh seluruh santri Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory dengan tujuan santri menambah khazanah ilmu di luar Kegiatan Belajar Mengajar di kelas. Disampig menambah khazanah keilmuan juga untuk meningkatkan ubudiyah para santri sehingga santri selalu termotivasi untuk selalu beribadah dengan baik dan benar. Sedangkan kitab-kitab yang digunakan diantaranya : Ta.limul Muta’allim, Akhalak Lilbanin (untuk santri putra), Akhlak lilbanat (untuk santriwati), Tanqihul Qoul, Riyadhussholihin Pengajar program ini adalah para guru senior Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory.

Jam’iyatul Qurro

Lembaga ini sebagai wadah pagi para santri dan santriwati Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory yang mempunyai bakat sebagi Qori.