Badan Wakaf Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory merupakan lembaga tertinggi dalam organisasi Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory. Bertugas melaksanakan amanat Wakif (Bapak H.Nadjih Bin H. Idup) yang tercantum dalam Surat Pernyataan Wakif Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory tanggal 19 Safar 1428 H atau 9 Maret 2007. Sementara itu, untuk tugas dan kewajiban kesehariannya, amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory.

Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory merupakan badan eksekutif yang dipilih oleh Badan Wakaf setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris Badan Wakaf yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan Badan Wakaf, dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor. Adapun lembaga-lembaga lainnya berada dibawah Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory.

Laporan kepengurusan Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory kepada Badan Wakaf disampaikan setiap 6 bulan sekali dalam Rapat Badan Wakaf. Sidang Badan Wakaf diadakan di Auditorium Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory. Sidang Badan Wakaf dihadiri oleh Badan Wakaf, dan Pimpinan.