Lembaga tertinggi dalam organisasi Pendidikan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory ialah Badan Wakaf. Badan Wakaf adalah semacam badan legislatif yang beranggotakan 15 orang, bertanggung jawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok. Untuk tugas dan kewajiban keseharian amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.

Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory merupakan semacam badan eksekutif (setelah wafatnya para pendiri Pondok) yang dipilih oleh Badan Wakaf setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris Badan Wakaf yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan Badan Wakaf dan bertanggungjawab kepada Badan Wakaf Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory. Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory, di samping memimpin lembaga-lembaga dan bagian-bagian di Balai Pendidikan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory, juga berkewajiban mengasuh para santri sesuai dengan sunnah Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory. Adapun lembaga-lembaga dan atau bagian-bagian yang dibawahi Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory adalah sebagai berikut:

1. Lembaga perguruan menengah dengan masa belajar 6 atau 4 tahun, setingkat Tsanawiyah dan Aliyah, bernama Tarbiyatul Mu’allimin al-Islamiyah (TMI)
2. Lembaga perguruan tinggi yang disebut Sekolah Tinggi Al-Amanah AL-Gontory (STAI), mempunyai Satu Fakultas Yaitu Fakultas Tarbiyah dengan beberapa Bidang Prodi Yaitu : Prodi Management Pendidikan Islam, Prodi Hukum Ekonomi Syariah, dan Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah.
3. Lembaga Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstra kurikuler. Lembaga ini membawahi tiga organisasi santri:
   1. Organisasi Santri Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory (OSPA), yaitu organisasi siswa TMI
   2. Koordinator Gugusdepan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory, yakni organisasi kepramukaan siswa TMI.
4. Lembaga yang bergerak dalam bidang penggalian dana, pemeliharaan, perluasan, dan pengembangan aset-aset Pondok yang disebut Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory (YPPWPA).
5. Lembaga wadah pemersatu para alumni Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory yang disebut Ikatan Keluarga Al-Amanah Al-Gontory (IKMG).

Di samping kelima lembaga di atas, ada bagian-bagian tertentu yang dibentuk untuk memperlancar proses pendidikan dan pengajaran di Pondok. Bagian-bagian tersebut adalah:

1. Bagian yang menangani pergedungan yang disebut Bagian Pembangunan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory.
2. Bagian yang menangani unit-unit usaha milik Pondok yang disebut Koperasi Pondok Pesantren (Kopontren).
3. Bagian yang bergerak di bidang pelayanan kesehatan santri dan masyarakat yaitu Balai Kesehatan Santri dan Masyarakat (BKSM).